臭氧是消毒殺菌劑和氧化劑, 在游泳池和按摩池使用臭氧時要注意下列幾項:

1. 臭氧的半衰期在游泳池中大約只有3 - 18分鐘的存在時間，而池水的過濾回圈周期都遠大于它。因此，臭氧進入泳池后不久就沒有消毒殺菌能力，游泳池中有部分水會因此而有殺菌不全的情形發生，因此，游泳池不能單獨使用臭氧，另外補充有殘余型態的氯消毒劑或使用臭氧穩定劑，才能增臭氧在水中的時間。

2. 臭氧的氧化力很強，會將其他物分解成簡單的分子，而這些簡單分子會變成綠藻成長的重要營養鹽，以致池壁或池角容易長綠藻，這些長在池邊的固定藻，因為沒有隨著水流進入臭氧反應糟，會因此而增生，而池水中的臭氧濃度也很難損害它，所以也會有提前篩選和抗藥問題，這也是另一個臭氧池要加氯或臭氧穩定劑的主要原因之一。

3. 游泳池單獨使用臭氧的反應機制是：先破壞人體含氨、氮有機物(如汗水,尿液，唾液，鼻涕，皮膚脫落物等)，再消滅微生物，也就是說，在游泳池尖峰使用時，臭氧先照顧的是水質而不是殺菌，所以泳客多的時候，有可能提供大腸菌的生長條件，等到泳客減少時再補足原來的消毒殺菌條件。因此，臭氧機的運轉時間不能太短。

4. 臭氧在分解有機物的速度是很快的，氧化結合氯 (氯胺、氯臭味)的過程卻是很緩慢。因此，在使用臭氧時應將臭氧定位在處理有機物，使池水沒有產生結合氯的機會，也就是說，管道系統的安排應該是池水先接觸臭氧將有機物分解后再行加氯程式，以阻止池水負荷較重時產生氯臭味味道，或因為臭氧的強氧化力和氯互相破壞分解殆盡。

5. 臭氧的擴散效率是以氣泡的大小來決定的，小的氣泡表面積大，接觸水的機會就會大，因此，太大的氣泡不但不好，還可能會因為包含在氣泡內未反應的臭氧，溢出水面而發生呼吸道灼傷的情形。

6. 臭氧的值一般在現場很難判斷，包括臭氧機、分子篩的效率問題、氧氣控制和反應槽流量與滯留時間等等，都存在不可預測的條件，根據我們處理的經驗，使用氧化還原電位（ORP）偵測是比較穩定的，也就是說，池水的ORP值無法控制在650mv以上的條件下，臭氧系統的某一個環節出了問題，所以找出原因并作去除，才能保障臭氧值。

7. 根據個人的經驗，臭氧的氧化具有微絮凝能力，當臭氧在完成值接觸后，再進入篩檢程式的管道系統安排過程，微絮凝能力可發揮很強的效能機制，只須要很少量的酵素澄清劑就可以很輕易的將水中的干凈度維持在五十公尺以上。

8. 在活性碳吸附罐結合全流量臭氧處理系統或以臭氧作為羥基（?ＯＨ)產生來源的系統時，要經常性的改變臭氧水在活性碳吸附罐內的值，以阻止造成活性碳顆粒泄漏至泳池內或造成厭氣反應。

9. 礦物泉水或SPA溫泉泳池不適合采用臭氧系統的主要原因，是因為礦物泉水或溫泉中含有大量的鐵、錳和有機質的存在，同時它們共同的特性都是氧化還原電位（ORP）很低，臭氧發生器生產商有大部分是負的ORP值。臭氧加入有這種特質的水中，大部分用來作為中和和氧化作用，緊接著就是鐵、錳因氧化而衍生的池水變色問題。而高溫也是此類池水的特色之一，也是另一個不適合采用臭氧系統主要因素。根據個人的經驗，實際運行時，臭氧在攝氏38度以上的池水中，所存在的時間很難過30秒，在如此短的接觸時間內很難達到臭氧的值。